Nama Bondan Gunawan sempat tenar saat Indonesia masih dipimpin oleh almarhum Abdurrahman Wahid alias Gus Dur. Dalam kabinet yang dibentuk oleh Gusdur, Bondan yang terkenal nasionalis sejati ini menjabat sebagai Sekretaris Pengendali Pemerintahan. Tak beberapa lama, Bondan kemudian diangkat sebagai Menteri Sekretaris Negara. Di tahun yang sama, karir Bondan meredup karena isu bobolnya brankas Yayasan Karyawan Yanatera Bulog. Tak tanggung-tanggung, nilai kebobolan itu mencapai Rp35 miliar. 29 Mei 2001, Bondan pun mengundurkan diri sebagai salah satu menteri Kabinet Indonesia Bersatu sebelum akhirnya MPR melengserkan Gus Dur. Meskipun begitu, Bondan berhasil mencatatkan sebuah langkah yang mengagumkan kala itu. Atas perintah Gus Dur yang dikenal amat dekat dengan Bondan, bapak dua anak ini masuk ke markas Gerakan Aceh Merdeka dan menemui panglima tertingginya, Teungku Abdullah Syafei, pada lebaran Idul Adha 2001. Itulah titik tonggak pertama kalinya seorang petinggi resmi pemerintahan bertemu dan berbicara dengan tokoh GAM. Saat itu, banyak pihak yang mengharapkan terjadinya rekonsiliasi antara GAM dengan Pemerintah RI dengan adanya pertemuan pertama tersebut. “Saya menganggapnya sebagai saudara, bukan musuh," kata Bondan. Selanjutnya, Bondan menjadi salah satu sosok yang intens mengurus penyelesaian masalah Aceh dan acap kali bertemu dengan kalangan tokoh masyarakat Aceh. Bondan sudah lama mengenal Gus Dur, terlebih setelah Forum Demokrasi (Fordem) berdiri. Forum yang didirikan dan dipimpin oleh Gus Dur ini merupakan sebuah kelompok diskusi yang dianggap sebagai antitesa pendirian Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia yang saat itu dipimpin oleh BJ Habibie. Bondan pun sempat menjadi Ketua Kelompok Kerja Fordem menggantikan Gus Dur. Bondan yang menghabiskan masa kecil dan remajanya di Yogyakarta ini merupakan adik kandung dari Brigjen (TNI) Katamso Dharmosaputro. Brigjen Katamso adalah salah satu korban penculikan dan pembunuhan pelaku peristiwa Gerakan 30 September 1965. Sejak kecil rupanya Bondan sudah senang beraktivitas dalam berbagai organisasi. Saat SMA, Bondan sudah aktif dalam Gerakan Siswa Nasional Indonesia, sebuah organisasi yang beraliran nasionalis, pro Bung Karno. Dan Bondan pun memang dikenal sebagai seorang nasionalis di sepanjang karirnya. Desember 2010 nama Bondan kembali disebut-sebut. Mantan Mensesneg ini didemo oleh Forum Umat Islam (FUI) Bogor Raya karena telah merusak segel Gereja Yasmin. Bondan yang menyebut dirinya sebagai tokoh lintas agama ini merasa tidak seharusnya kebebasan beragama dihalang-halangi. Karena itulah, dia merusak segel gereja sehingga jemaat bisa kembali beribadah di sana.