Milton Pakpahan adalah anggota DPR RI Komisi VII, mengurusi bidang Energi, Sumber Daya Mineral, riset, Teknologi dan Lingkungan Hidup. Beliau maju sebagai calon anggota legislatif setelah calon anggota legislatif terpilih Partai Demokrat dengan suara terbanyak, Freddy Numberi, menyatakan mengundurkan diri.
Sesuai ketentuan UU Nomor 10 Tahun 2008 Pemilu Legislatif, caleg terpilih digantikan oleh caleg dengan perolehan suara terbanyak kedua. Milton yang mendapatkan suara terbanyak kedua di daerah pemilihan Papua, dapil yang sama dengan Freddy, sah menjadi pengganti Freddy untuk maju menjadi calon legislatif.
Sebelum menjabat sebagai anggota DPR, Milton pernah bekerja dengan Pertamina hingga memutuskan untuk berhenti dan melanjutkan studi untuk mendapatkan gelar master di Institut Bisnis Indonesia. Usai mendapatkan gelar, Milton merintis usaha yang terus berkembang hingga sukses. Dari pergaulan Milton berkenalan dengan politik dan ikut membantu perjuangan para mahasiswa saat reformasi menumbangkan Orde Baru tahun 1998 lalu.
Milton bergabung dengan Partai Demokrat sejak tahun 2003, sejak awal partai ini dibentuk. Di tahun 2004, Milton menjadi calon legislatif dari daerah pilihan Jawa Tengah. Milton ikut mendirikan kelompok pemuda di lingkungan Partai Demokrat yang bernama Komite Nasional Pemuda Demokrat (KNPD). Beliau juga dipercaya sebagai Penasehat Angkatan Muda Demokrat.