Mindo Sianipar adalah Wakil Ketua Komisi IV DPR RI untuk periode 2009 hingga 2014 nanti. Di komisi ini, Mindo yang mewakili Fraksi Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan mengurusi bidang Pertanian, Perkebunan, Kehutanan, Kelautan, Perikanan dan Pangan. Di Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan Mindo menjabat sebagai Ketua Bidang Usaha Kecil dan Koperasi DPP PDI Perjuangan. Sementara di Fraksi PDI-P Mindo dipercaya menjadi Ketua Poksi IV.
Kasus korupsi pengadaan Sistem Komunikasi Radio Terpadu (SKRT) yang melibatkan mantan Ketua Komisi IV DPR, Yusuf Emir Faisal, sempat membuat Mindo diperiksa oleh KPK. Namun pemeriksaan ini hanya sebatas Mindo sebagai saksi. Mindo juga pernah dipanggil oleh KPK terkait dengan pengembangan penyidikan kasus alih fungsi hutan dan lahan pantai Air Telang untuk Pelabuhan Tanjung Api Api.
Sejak menjadi mahasiswa Mindo aktif menjadi anggota organisasi. Pada tahun 1973, Mindo tercatat sebagai anggota GMKI (Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia) dan menjadi Dewan Mahasiswa ITB pada tahun 1975. Dua tahun berikutnya, di tahun 1977, Mindo menjadi anggota MPM ITB. Pengabdiannya pada Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan dimulai tahun 1994 dan masih aktif hingga sekarang.