Nama Komisaris Besar Polisi Yohanes Nugroho sering menyita perhatian media nasional dan lokal, khususnya terkait berbagai lansiran seputar peristiwa hukum dan kriminal yang terjadi di wilayah Papua seperti kasus Daniel Kagoya, aktivitas gerakan Organisasi Papua Merdeka (OPM), serta berbagai insiden lain yang kerap menimbulkan korban jiwa. Menjabat sebagai Kabid Humas Polda Papua, nama Nugroho menjadi langganan media saat terjadi kerusuhan dan atau peristiwa kriminal lain di Papua. Beberapa waktu lalu, nama Yohanes Nugroho dilansir beberapa media terkait peristiwa penembakan seorang anggota Polisi oleh orang tak dikenal di Bandara Enrotali, Paniai. Perwira polisi ini menerangkan bahwa korban, Brigadir Yohan Kasiwaitouw, ditembak saat mencuci mobil dengan prediksi pelaku menggunakan senjata jenis revolver terkait ditemukannya proyektil peluru tidak jauh dari lokasi kejadian. Pelaku juga diperkirakan bersangkut paut dengan gerakan OPM. Kasus berikutnya adalah insiden penembakan pemukiman warga pada pukul 20.30 WIT yang menewaskan Mustofa. Kepada Kepada ANTARA, Yohannes membenarkan adanya insiden tersebut serta menambahkan bahwa korban sudah ditangani tenaga medis di RSUD Enarotali, Kabupaten Paniai. Di bulan yang sama, ia juga menangani kasus penembakan Kepala Dinas Kehutanan Kabupaten Sarmi, Ayub Notanubun (50th) Papua yang ditembak oleh orang tak dikenal, 18 Agustus, sabtu sore sekitar pukul 15.30 WIT, saat melintas di jembatan Skanto, Kabupaten Keerom, perbatasan RI-Papua Nugini. Pada bulan September 2012, Yohanes mengklarifikasi bahwa kepolisian Papua menangkap 22 warga yang diduga menjadi anggota Dani Kagoya, malam sekitar pukul 23.30 WIT. Warga itu ditangkap dirumah dikawasan BTN Puskopad Kamkey Abepura yang diduga menjadi tempat persembunyian kelompok tersebut. Ia memastikan, dari keempat orang yang masuk dalam DPO itu, satu orang diantaranya berstatus sebagai mahasiwa Unima, yakni Lambertus Siep (23) yang bertugas sebagai informan bagi media TPN/OPM. Sosok Yohanes ini semakin dicari media, setelah kepala dari berbagai kerusuhan di Papua, Daniel Kagoya dilumpuhkan di hotel Entrop pada 3 September 2012. Kepada ANTARA, ia mengakui Daniel Kagoya yang merupakan salah satu buronan paling dicari itu sudah ditangkap dan terpaksa dilumpuhkan yang mengakibatkan kaki Daniel harus diamputasi.